seismic 3d viewer

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.18.4%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22columns%22%2C%20sql_output%3D%22polars%22)%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D0%2C%20hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%203D%20Seismic%20Viewer%20Widget%3A%20%60threey%60%0A%0A%20%20%20%20%60%60%60bash%0A%20%20%20%20pip%20install%20threey%0A%20%20%20%20%60%60%60%0A%0A%20%20%20%20github%20page%3A%20%5Bkelreeeeey%2Fthreey%5D(https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fkelreeeeey%2Fthreey)%0A%0A%20%20%20%20---%0A%0A%20%20%20%20features%3A%0A%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20view%203D%20seismic%20data%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20view%20any%20other%203D%20seismic%20attributes%20like%20fault%20cube%2C%20rgt%2C%20RMS%2C%20etc.%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20slicer%20through%20inline%2C%20crossline%2C%20and%20depth%20slice%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20also%20support%202D%20view%2C%20by%20passing%20flag%20%60is_2d_view%3DTrue%60%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20support%20matplotlib%20colormaps.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Load%20the%20data%0A%0A%20%20%20%20Are%20derived%20from%20Xinmung%20Wu%20et.%20al%20works%2C%20(2019)%20under%20title%20of%20%22FaultSeg3D%3A%20using%0A%20%20%20%20synthetic%20datasets%20to%20train%20an%20end-to-end%20convolutional%20neural%20network%20for%203D%20seismic%0A%20%20%20%20fault%20segmentation%22%0A%0A%20%20%20%20The%20full%20dataset%20can%20be%20found%20on%20https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fxinwucwp%2FfaultSeg%2Ftree%2Fmaster%2Fdata%0A%0A%20%20%20%20The%20example%20%5Bseismic%5D(%22https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fkelreeeeey%2Fthreey%2Fmain%2Fexample-data%2Fseismic_cube_shape_128_128_128.csv%22)%0A%20%20%20%20%26%20%5Bfault%5D(%22https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fkelreeeeey%2Fthreey%2Fmain%2Fexample-data%2Ffault_cube_shape_128_128_128.csv%22)%0A%20%20%20%20that%20are%20being%20used%20here%20were%20loaded%20as%20csv%20and%20converted%20to%20NumPy%20array.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20load%20the%20data%0A%20%20%20%20import%20polars%20as%20pl%0A%20%20%20%20%23%20_dir%20%3D%20mo.notebook_location()%20%2F%20%22public%2Fdata%22%0A%0A%20%20%20%20_seis_csv%20%3D%20pl.read_csv((%22https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fkelreeeeey%2Fthreey%2Fmain%2Fexample-data%2Fseismic_cube_shape_128_128_128.csv%22))%5B'data'%5D%0A%20%20%20%20_fault_csv%20%3D%20pl.read_csv((%22https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2Fkelreeeeey%2Fthreey%2Fmain%2Fexample-data%2Ffault_cube_shape_128_128_128.csv%22))%5B'data'%5D%0A%0A%0A%20%20%20%20synthetic_data%20%3D%20_seis_csv.to_numpy().reshape((128%2C%20128%2C%20128))%0A%20%20%20%20synthetic_fault_data%20%3D%20_fault_csv.to_numpy().reshape((128%2C128%2C128))%0A%20%20%20%20return%20synthetic_data%2C%20synthetic_fault_data%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Actually%20using%20the%20widget%0A%0A%20%20%20%20The%20widget%20takes%20the%20%60memoryview%60%20of%20both%20of%20the%20data%20and%20labels%20(if%20exists).%0A%0A%20%20%20%20The%20widget%20expect%20that%203D%20data's%20axis%20have%20to%20be%20configured%20in%20this%20order%0A%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20axis%200%3A%20vertical%20slice%20%2F%20z%20%2F%20xy-plane%0A%20%20%20%20-%20%5B%20%5D%20axis%201%20and%202%3A%20could%20be%20any%20of%20the%20vertical%20planes%2C%20xz-plane%20or%20yz-plane%0A%0A%20%20%20%20where%20%60z%60%20axis%20is%20perpendicular%20to%20the%20earth%20surface%2C%20_not_%20to%20the%20computer%20screen%20%3AD%0A%0A%20%20%20%20%3E%20well%2C%20its%20up%20to%20the%20user%20if%20they%20want%20to%20change%20the%20order%20of%20the%20axis.%0A%0A%0A%20%20%20%20The%20widget%20takes%20label%20in%20a%20form%20of%20dictionary%2C%20the%20label%20configuration%20like%0A%20%20%20%20colormap%20and%20its%20alpha%20also%20expected%20to%20be%20in%20a%20form%20of%20dictionary%20with%20the%20same%0A%20%20%20%20keys%20as%20the%20label%20dictionary.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Seismic3DViewer%2C%20mo%2C%20synthetic_data%2C%20synthetic_fault_data)%3A%0A%20%20%20%20vmin%2C%20vmax%20%3D%20synthetic_data.min()%2C%20synthetic_data.max()%0A%0A%20%20%20%20%23%20the%20widget%20takes%20memoryview%20of%20both%20the%20seismic%20data%20%26%20the%20label%0A%20%20%20%20sample_cube%20%3D%20memoryview(synthetic_data)%0A%20%20%20%20sample_label%20%3D%20memoryview(synthetic_fault_data)%0A%0A%20%20%20%20labels%20%3D%20%7B%22fault%22%3Asample_label%7D%0A%20%20%20%20kwargs_labels%20%3D%20%7B%22fault%22%3Adict(cmap%3D%22inferno%22%2C%20alpha%3D0.5)%7D%20%23%20store%20the%20colormap%20and%20alpha%20for%20the%20label%20here!%0A%0A%20%20%20%20_dimensions%20%3D%20dict(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20inline%3Dsample_cube.shape%5B1%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20crossline%3Dsample_cube.shape%5B2%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20depth%3Dsample_cube.shape%5B0%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20area%20%3D%20mo.ui.anywidget(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Seismic3DViewer(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data_source%20%3D%20sample_cube%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cmap_data%20%3D%20%22seismic%22%2C%20%23%20default%20to%20%22seismic%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dark_mode%3DFalse%20if%20mo.app_meta().theme%20!%3D%20%22dark%22%20else%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20labels%3Dlabels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20kwargs_labels%3Dkwargs_labels%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_label%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vmin%20%3D%20vmin%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vmax%20%3D%20vmax%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20is_2d_view%20%3D%20False%2C%20%23%20default%20to%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dimensions%3D_dimensions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D700%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(area%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20micropip%0A%20%20%20%20await%20micropip.install(%22threey%22)%0A%20%20%20%20from%20threey%20import%20Seismic3DViewer%0A%20%20%20%20return%20Seismic3DViewer%2C%20mo%0A%0A%0A%40app.cell(column%3D1)%0Adef%20_(area)%3A%0A%20%20%20%20area%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A